একাত্তরে মুক্তিযুদ্ধের সময় ১৮ জন বুদ্ধিজীবী হত্যার অভিযোগের প্রতিটি ঘটনায় তখনকার আলবদর নেতা আশরাফুজ্জামান খান ও চৌধুরী মুঈনুদ্দীনের সংশ্লিষ্টতা পাওয়া যায় এবং পরে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালের বিচারে প্রমাণিতও হয়। ২০১৩ সালের ৩ নভেম্বর এ রায় ঘোষণা হয়। প্রসিকিউশনের আনা ১১টি অভিযোগের সবগুলোই প্রমাণিত হওয়ায় জামায়াতে ইসলামীর তখনকার সহযোগী সংগঠন ইসলামী ছাত্র সংঘের এ দুই কেন্দ্রীয় নেতাকে মৃত্যুদণ্ড দেন ট্রাইব্যুনাল।

রায়ে বলা হয়, আশরাফুজ্জামান খান ও চৌধুরী মুঈনুদ্দীন যে মুক্তিযুদ্ধের সময় ১৮ জন বুদ্ধিজীবী হত্যায় জড়িত ছিল, তা প্রসিকিউশনের তথ্য-প্রমাণে বেরিয়ে এসেছে। তারা কখনও নিজেরা হত্যায় অংশ নিয়েছে, আবার কখনও জোরালো সমর্থন দিয়েছে এবং উৎসাহ যুগিয়েছে। এ দুই বদর নেতা ও তাদের সহযোগীদের হাতে নিহতদের মধ্যে রয়েছেন—ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের অধ্যাপক ও নাট্যকার মুনীর চৌধুরী, অধ্যাপক মোফাজ্জল হায়দার চৌধুরী, গিয়াসউদ্দিন আহমেদ, ড. সিরাজুল হক খান, ড. আবুল খায়ের, ড. ফয়জুল মহিউদ্দিন, অধ্যাপক রাশিদুল হাসান, অধ্যাপক আনোয়ার পাশা ও ড. সন্তোষ ভট্টাচার্য। সাংবাদিক সিরাজ উদ্দিন হোসেন, সৈয়দ নাজমুল হক, এএনএম গোলাম মুস্তাফা, নাজিম উদ্দিন আহমেদ, সেলিনা পারভীন, শহীদুল্লাহ কায়সার এবং চিকিৎসক মো. মর্তুজা, মো. ফজলে রাব্বি ও আলিম চৌধুরীকেও হত্যার পর গুম করে তারা। সে সময় আলবদর বাহিনীর ওপর ইসলামী ছাত্র সংঘের এ দুই নেতার পূর্ণ নিয়ন্ত্রণ ছিল বলে রায়ে উল্লেখ করা হয়। আশরাফুজ্জামান বর্তমানে যুক্তরাষ্ট্রে এবং চৌধুরী মুঈনুদ্দীন যুক্তরাজ্যে পলাতক।

রায়ে বলা হয়, আমরা ঐকমত্যের ভিত্তিতে এই মত দিচ্ছি, আশরাফুজ্জামান খান ও চৌধুরী মুঈনুদ্দীনের সর্বোচ্চ শাস্তির আদেশ না দিলে ন্যায়বিচার নিশ্চিত হবে না।

দেশ স্বাধীন হওয়ার পর আশরাফুজ্জামানের নাখালপাড়ার বাসা থেকে উদ্ধার করা তার ব্যক্তিগত দিনপঞ্জিতে এই হত্যার পরিকল্পনা ও একটি তালিকা পাওয়া যায়। আশরাফুজ্জামান খান ছিল সেই হত্যাকাণ্ডের ‘চিফ এক্সিকিউটর’ ও চৌধুরী মুঈনুদ্দীন ছিল সেই পরিকল্পনার ‘অপারেশন ইনচার্জ’।

উল্লেখ্য, রায়ের পর নিয়ম অনুযায়ী প্রসিকিউশন ও অ্যাটর্নি জেনারেলকে রায়ের সার্টিফায়েড কপি দেওয়া হয়। রায়ের পর নির্ধারিত ৩০ দিনের মধ্যে আত্মসমর্পণ না করায় তাদের ক্ষেত্রে আপিল প্রযোজ্য হয়নি।